Mayıs 1999'da İşçi Partisi lideri Ehud Barak İsrail başbakanı seçilmiştir. 4 Eylül 1999'da bir araya gelen taraflar, Şarm El-Şeyh Memorandumu'nda daha önce imzalanan tüm anlaşmaların uygulanacağı sözünü vermişlerdir. Nihai Statü Müzakereleri, 13 Eylül 1999 tarihinde Erez kontrol noktasında resmî olarak yeniden başlamış ancak sonuç alınamamıştır. Şarm El-Şeyh'in uygulamaya koyulma aşamaları şöyledir:
· Tutukluların serbest bırakılması: 9 Eylül 1999; 15 Ekim 1999. Ramazan dolayısıyla serbest bırakılan ek mahkûmlar: Aralık 1999; Ocak 2000,
· Diğer geri çekilme hareketleri: 10 Eylül 1999 (%7 C-B); 5-7 Ocak 2000 (%5-%3 C-B, %2 B-A); 21 Mart 2000 (%6,1 - %1 C-B, %5,1 B-A),
· Güvenli geçiş: Güney rotası, 25 Ekim 1999,
· Shuhada Sokağı'nın açılması, 31 Ekim 1999,
· Yerlerinden edilen kişiler komitesi toplanması, 6 Şubat 2000. Ekonomik konularda anlaşma imzalanması, 7 Haziran 2000.
Tarafların ilerleme kaydetmesi için yeni yardım sözlerini erteleyen ABD, 30 Kasım 1998'de, Filistinlilere uluslararası yardım için Washington'da ikinci yardım konferansını toplamıştır. 14 Aralık'ta Clinton, Gazze'yi ziyaret eden ilk ABD başkanı olarak anayasasından İsrail'in yok edilmesi ifadesinin çıkartılmasını oylayan Filistin Ulusal Konseyi'nde bir konuşma yapmıştır. Diğer taraftan İsrail ve Filistin'deki ziyaret sırasında, İsrail'in Wye Nehri Memorandumu yükümlülüklerini yerine getirmediğine işaret etmiştir.
1999 yılı, Ürdün Kralı'nın 7 Şubat'ta ölümüne sahne olmuştur. 4 Mart'ta ABD, İsrail'in anlaşmayı uygulamaya devam etmediği için Wye yardımını alamayacağını duyurmuştur. 4 Mayıs'ta Oslo sürecinin 5 yıllık geçiş süreci dolmuş; Arafat, Filistin hükûmetini tek taraflı ilan edebileceğini ilan etmiş ama sonrasında bunu ertelemiştir. 17 Mayıs 1999'da İsrail seçimlerinde bu sefer barışa daha yakın olarak bilinen İşçi Partisi ve Ehud Barak, Likud ve Binyamin Netanyahu'ya karşı zafer kazanmış ve barış sürecini yenileme sözü vererek 7 Temmuz'da başbakanlığı devralmıştır. Barak'ın Beyaz Saray'ı ziyaretinde on beş ay içinde kapsamlı bir barış anlaşması için söz vermesi üzerine Clinton, Barak'ı destekleyeceğini ifade etmesiyle, barış sürecinin canlanması beklentisi ortaya çıkmıştır. Uzmanlar tarafından İsrail'deki bu hükûmet değişikliğinde ABD'nin barış yanlısı bir hükûmet istemesinin rolü olduğu değerlendirmesi yapılmaktadır. Eylül ayında dönemin ABD Dışişleri Bakanı Albright, Şarm El-Şeyh Memorandumu'nun imzalanmasına tanıklık etmiş; Ehud Barak'ın 1998 Wye Nehri Memorandumu maddelerinin yeniden müzakere edilmesi sağlaması ise Filistin tarafında ABD'ye yönelik kızgınlığa neden olsa da, Filistin tarafı Memorandumu imzalamıştır. Eylül ayında Clinton dış yardım tasarısını reddetmiş; Cumhuriyetçilerin kontrolündeki Amerikan Kongresi de Clinton'ın barış süreci için ekonomik yardım talebine daha az kaynak ayırmıştır. Kasım ayında bu sorun aşılarak Kongre'nin İsrail, Filistin, Mısır ve Ürdün'e Wye Nehri Memorandumu çerçevesinde ilave kaynak vermesini öngören dış yardım yasa tasarısında uzlaşma sağlanmıştır. 1999 yılı, 15-16 Aralık tarihleri arasında yaklaşık dört yıllık aradan sonra Suriye-İsrail görüşmelerinin Washington'da yeninden başlamasıyla sona ermiştir.
