28 Eylül 2000'de Likud lideri Ariel Şaron'un, yanında 1.000 İsrail polisi ile birlikte Müslümanlar için kutsal olan Harem-ül Şerif'i ziyareti sonrasında Filistinlilerin gösterileri, El Aksa İntifadası olarak da bilinen II. İntifada'nın başlamasına yol açmıştır. 16 Ekim 2000'de Clinton, şiddeti sona erdirmek ve barış sürecini kurtarmak için Şarm-el Şeyh Zirvesi'ne katılmış; 22 Ekim'de Arap Birliği, İsrail ile olan tüm ekonomik işbirliğini durdurmuş; 21 Kasım'da da Mısır Tel Aviv Büyükelçisi'ni geri çekerek, Ürdün de İsrail'e yeni büyükelçi atanmasını durdurarak tepkilerini ortaya koymuşlardır. 10 Aralık tarihinde Ehud Barak istifasını sunmuştur. Başkan Clinton, şiddetin gölgesinde, 19-23 Aralık 2000 tarihleri arasında İsrail ve Filistin heyetleriyle yapılan görüşmelere Washington'da ev sahipliği yapmış ve taraflara bir köprü teklifi sunmuştur. II. İntifada devam ederken görüşmeler sürmüş ancak netice alınamamıştır.
Ocak 2001'de, II. Camp David'in ötesinde ilerleme kaydedilmesine rağmen Taba'daki görüşmelerden İsrail seçimlerinin yaklaşması nedeniyle sonuç alınamamıştır. İsrail'deki seçimler sonunda 6 Şubat'ta Likud Partisi lideri Ariel Şaron Başbakan, İşçi Partisi'nden Şimon Peres de Dışişleri Bakanı olmuştur. Terör eylemleri giderek tırmanmış, İsrail Turizm Bakanı Ben Elizer'in öldürülmesi, İsrail'in karşı saldırılarını yoğunlaştırmasına neden olmuş ve Ramallah'la başlayan durum artarak devam etmiştir. 20 Ocak'ta Clinton başkanlık görevini George W. Bush'a bırakmış; Bush hükûmeti, Clinton dönemi barış önerilerini reddetmiştir. Yeni ABD hükûmetinin Dışişleri Bakanı Powell'ın 11 Nisan tarihindeki bölgeyi ziyareti, ateşkesin sağlanabileceği umudunu getirmiştir; ancak sonuç alınamamıştır.
30 Nisan 2001 tarihinde Mitchell Komitesi/ Şarm-el Şeyh Araştırma Komisyonu terörizme son verilmesi, güvenlik işbirliğinin yenilenmesi ve İsrail yerleşimlerinin dondurulmasını içeren tavsiyeleri yayınlamıştır. 13 Haziran'da Merkezî Haber Alma Teşkilatı Direktörü George Tenet'in ateşkes planı, İsrail ve Filistinliler tarafından kabul edilmiş ama uygulanması, daha öncekilerde olduğu gibi gerçekleşmemiştir. 19 Temmuz'da G-8, Mitchell tavsiyelerinin uygulanması çağrısı yapmıştır. Barış sürecini etkileyen faktörlerden bir diğeri de İsrail'in Filistinli liderleri düzenlediği suikastlerdir. 27 Ağustos tarihinde Filistin Halk Kurtuluş Cephesi lideri Ebu Ali Mustafa'nın suikaste uğraması buna bir örnektir. Arap ülkelerinin barış sürecine yönelik yaklaşımlarına yönelik olarak Suudi Kralı Prens Abdullah'ın Bush'a yazdığı ve Suudi-Amerikan ilişkilerinin yeniden değerlendirileceği tehdidi ve İsrail-Filistin şiddetini tırmandıracak şekilde davrandığı yönündeki suçlamalarının yer aldığı mektubuna cevaben Bush, Filistin devletine yönelik destek vereceği yönünde güvence vermiştir.
