Körfez Savaşı sonrası Suriye, Sovyetlerin yıkılmasıyla ABD ile yakınlaşmak zorunda kalmış ve 1991'de Madrid Konferansında İsrail'le müzakerelere başlamıştır. Daha sonra 1995 Aralık sonunda Wye bölgesinde İsrail-Suriye görüşmelerinin ilk turu başlamış; ikinci tur Ocak 1996, üçüncü tur ise 1996 Şubat sonu mart başında gerçekleştirilmiştir. Bu süreci baltalamak yönündeki eylemlere bir örnek, aynı tarihler içinde İsrail şehirlerine gerçekleştirilen 3 intihar bombası saldırısıdır.
Suriye, İsrail'in güvenliğine her zaman için tehdit oluşturduğu için müzakerelerde İsrail, Suriye'nin güvenliği sağlayıcı barış anlaşması karşılığında anlaşmayı kabul edeceğini söylemiştir. Aralık 1999'da Clinton'ın ilân ettiği Hafız Esad-Ehud Barak görüşmesi sonrasında Suriye ve İsrail Dışişleri Bakanları, 3-10 Ocak 2000 tarihleri arasında Shepherdstown'da bir taslak anlaşmayı ele almış ancak görüşmeler anlaşma olmadan sona ermiş ve 17 Ocak'ta görüşmelerin üçüncü turunun süresiz olarak ertelendiği açıklanmıştır.
26 Mart'ta da Clinton, Esad ile Cenevre'de bir araya gelmiş ama çok sürmeden sonuçsuz bir şekilde sona ermiştir. İsrail-Suriye barış görüşmeleri çok uzun zaman sonra, Mayıs 2008'de Türkiye'nin arabuluculuğunda tekrar başlayacaktır.
İsrail-Lübnan ilişkilerinin Lübnan'daki gerilla gruplarının İsrail sınırına saldırıları nedeniyle sorunlu olduğu görülür. Daha önce sözü edilen İsrail'in Nisan 1996'daki Gazap Üzümleri Operasyonu, çatışmanın uç noktası olarak nitelendirilebilir. Nisan 1998'de İsrail, BM Güvenlik Konseyi'nin Lübnan'ın İsrail Savunma Gücü kontrolü altındaki Güney Lübnan'ın yeniden yapılandırmaya başlamasına ilişkin kararı kabul etmiş, 24 Mayıs 2000'de İsrail son birliğini de geri çekerek Güney Lübnan'daki 22 yıllık işgalini tamamen sona erdirmiştir.
