İsrail-Filistin sorunun önemli dönüm noktalarından biri olan gelişme, Filistin'de Aralık ayında yapılan yerel seçimlerde Batı Şeria ve Gazze'de HAMAS'ın başarıyla çıkmasıdır. Bunun üzerine Orta Doğu Dörtlüsü, kurulacak Filistin Hükûmetinin İsrail'in barış içinde yaşama hakkını tanımasını, şiddet ve terörizme son vermesi gerektiğini belirtmiştir.
4 Ocak 2006‟da Şaron'un kalp krizi geçirmesi sonrasında Ehud Olmert, Başbakan Vekili olarak yerine geçmiştir. Filistin Yönetiminin 25 Ocak 2006 seçimleri, HAMAS liderliğinde hükûmetin kurulmasıyla sonuçlanmıştır. İsrail, Filistinlilere karşı ikili strateji benimsemişti: HAMAS'a ve aşırı uçtakilere karşı baskıyı muhafaza ederken, İsrail-Filistin çatışmasına yönelik olarak görüşmelere dayanan bir iki devlet çözümü için Filistinliler arasındaki ılımlı unsurlarla diyalog kapısını kapatmamıştır. Olmert, HAMAS'la müzakereleri şu üç şarta bağlayarak reddetmiştir: HAMAS'ın silahsızlanması, İsrail'in yok edilmesi çağrısını kaldırması, İsrail-Filistin arasındaki daha önce yapılan tüm anlaşmaları tanıması.
30 Ocak'ta da Orta Doğu Dörtlüsü Filistin yardımlarını şiddet kullanılmaması, İsrail'in tanınması ve daha önceki anlaşmaların ve yükümlülüklerin kabul edilmesine bağladığını açıklamıştır. 16 Şubat'ta da ABD Kongresi, Bush yönetiminin Filistin yönetimine yardımları, HAMAS'ın İsrail'i tanımaması durumunda kesmesi yönünde uyarısına cevaben Condoleezza Rice, HAMAS hükûmetine hiçbir yardımın yapılmayacağını açıklamıştır. Filistin üzerinde ambargonun başlangıcını bu açıklamalar oluşturmaktadır. Avrupa Birliği, Filistin Yönetiminin koruyucu hükûmetine 140 milyon dolarlık yardım paketini açıklamıştır.
29 Mart'ta HAMAS hükûmeti kurulmuştur. Hemen ertesinde Orta Doğu Dörtlüsü, 30 Mart'ta açıkladığı şartlara HAMAS'ın uymadığını belirterek geniş kapsamlı yardım boykotu uygulamaya koymuştur. Bush, Filistin Yönetimi‟ne 45 milyon dolarlık doğrudan yardımı durdurmuştur. Süreç, 14 Nisan'da Olmert'in başbakan seçilmesi sonrasında İsrail'in nihai sınırlarını belirleyeceğini ve Filistinlilerle anlaşmaya varılamazsa tek taraflı bir güvenlik sınırı çizileceğini belirtmesiyle sıkışmıştır. Gazze'de ekonomik durum ağırlaşırken 25 Haziran'da İsrail askerî olan Gilad Şalit'in yakalanması, HAMAS tarafından bir pazarlık unsuru olarak kullanılırken İsrail de Refah sınır geçişini kapatmıştır. İsrail, bunun üzerine 8 bakanın da bulunduğu 42 HAMAS milletvekilini "yasadışı örgüt üyesi oldukları" gerekçesiyle tutuklamıştır.
