İsrail-Filistin sorununda önemli bir diğer gelişme de 12 Temmuz 2006'da başlayan İsrail-Hizbullah Savaşıdır. Bu olayda 1.300'den fazla Lübnanlı, 150 İsrail askeri ölmüş; 250.000 kişi kuzey İsrail'den kaçmış ve 350.000 kişi güney Lübnan'ı boşaltmıştır. 14 Ağustos'ta varılan ateşkes ile İsrail-Hizbullah Savaşı sona ermiştir. Filistin'deki durum ağırlaşırken Avrupa Birliği, doğrudan sosyal, tıbbî ve enerji ihtiyaçları gidermek üzere 1 Eylül tarihinde Geçici Uluslararası Mekanizmayı açıklamıştır.
Bu süreç yaşanırken Filistin içinde El Fetih ile HAMAS arasında Eylül ayında Batı Şeria'da çatışmalar başlamıştır. 20 Ekim'de taraflar arasında ateşkes sağlanmıştır. Aralık ayında, bölgeye yönelik önemli çalışmalardan biri olan Irak Çalışma Grubunun raporunda ABD'ye, bölgeye yönelik daha geniş bir stratejinin Irak'ta istikrarın sağlanması için hayati önem taşıdığı vurgulanırken Suriye ve İran'la ilişki kurması ve Arap-İsrail barış sürecini canlandırması tavsiye ediliyordu.
Aralık ayında Abbas, tek taraflı olarak erken seçim ilân etmiş; İsrail'in destek verdiği bu açıklamayı HAMAS, İsmail Haniye'nin "anayasal olmadığı ve Filistinliler arasında gerilime yol açabileceği" gerekçesiyle reddetmiştir. Bu arada, Abbas'a bağlı Devlet Başkanlığı Muhafızlarının HAMAS hükûmeti Dışişleri Bakanı Mahmud Zahar'ın konvoyuna düzenlenen saldırı öncesinde, Tarım ve Ulaştırma Bakanlık binalarının kontrolünü ele geçirmeleri HAMAS tarafından "darbe girişimi" olarak nitelendirilmiştir. 28 Aralık 2006 tarihinde İsrail yetkilileri Mısır aracılığıyla Abbas'ın El Fetih'in güvenlik güçlerine doğrudan askerî yardımı doğrulamıştır.
